Em 14 de outubro de 1988, após uma campanha liderada pelo ambientalista José Truda Palazzo Júnior, a maior parte do arquipélago (70% da área total) foi declarada Parque Nacional Marinho, com cerca de 11,270 ha, incluindo dois terços da ilha principal e todas as ilhas secundárias. Este status visa a proteção das espécies endêmicas lá existentes, especialmente a população de golfinhos rotadores que se reúnem diariamente na Baía dos Golfinhos, o lugar mais regular de observação da espécie em todo o planeta. 

A administração do Parque Nacional está atualmente a cargo do Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio). Para entender sua importância é preciso lembrar que Fernando de Noronha constitui um grande banco de alimentação e reprodução para toda a fauna marinha do Nordeste brasileiro, além de representar um local de alimento e descanso para espécies migratórias. Lá se encontram os últimos vestígios de Mata Atlântica insular e o único manguezal oceânico do Atlântico Sul.

Além de golfinhos e tartarugas, a Ilha principal abriga uma população de cerca de três mil habitantes e o turismo é desenvolvido de forma sustentável, ou seja, foi definido um número máximo de turistas que podem entrar na ilha, por dia. Isso quer dizer que mesmo no Réveillon, quando todas as pousadas normalmente estão lotadas, as praias ainda estão vazias e limpas. Todo o consumo da Ilha é feito com produtos que vêm do continente e todo o lixo produzido retorna ao continente. Todo esse cuidado e preocupação com meio ambiente posicionou Fernando de Noronha como a Melhor Ilha da América do Sul, eleita pelo Travellers’ Choice da Trip Advisor.

No ano de 2001 a UNESCO declarou Fernando de Noronha como parte do Patrimônio Natural da Humanidade.

Fernando de Noronha tem 17 praias, espalhadas entre o mar-de-dentro e o mar-de-fora. "Mar-de-dentro" é o lado da ilha que olha para o continente. São 10 praias e duas baías. Deste lado da ilha o mar é calmo durante a maior parte do ano e é protegido dos ventos. Vale destacar a Baía do Sancho, eleita a praia mais bonita do mundo pelo Travellers´ Choice da Trip Advisor. O "Mar-de-fora" está virado para a África. Há quatro praias, um porto, duas áreas de contemplação e um grupo de praias nas rochas. Deste lado do mar é mais agitado, mas em alguns pontos os recifes acalmam o mar. No entanto, tem muitas ondas e grandes áreas com abundância de peixes coloridos, como enormes aquários, ideal para o mergulho autônomo.

No verão, entre Janeiro e Fevereiro, a maré é muito forte e ideal para a prática do surf, colocando Noronha como etapa de Campeonatos de Surf.