En 14 de octubre de 1988, luego de una campaña liderada por el ambientalista José Truda Palazzo Júnior, la mayor parte del archipiélago (70% del área total) fue declarada Parque Nacional Marino, con cerca de 11,270 hectáreas, incluyendo dos tercios de la isla principal y todas las islas secundarias. Este estatus tiene como objetivo proteger las especies endémicas que allí existen, especialmente la población de delfines que se reúnen diariamente en la Bahía de los Delfines, el lugar más habitual de observación de la especie en todo el planeta.

La administración del Parque Nacional está actualmente a cargo del Instituto Chico Mendes para la Conservación de la Biodiversidad (ICMBio). Para comprender su importancia, es necesario recordar que Fernando de Noronha constituye un gran banco de alimento y reproducción para toda la fauna marina del Noreste de Brasil, además de representar un lugar de alimento y descanso para las especies migratorias. Allí quedan los últimos vestigios de la Mata Atlántica de la isla y el único manglar oceánico del Atlántico Sur.

Además de delfines y tortugas, la isla principal alberga una población cercana a los tres mil habitantes y el turismo se desarrolla de manera sustentable, es decir, se ha definido un número máximo de turistas que pueden ingresar a la isla por día. Esto significa que incluso en la víspera de Año Nuevo, cuando todas las posadas suelen estar llenas, las playas siguen vacías y limpias. Todo el consumo en la isla se realiza con productos que vienen del continente y toda la basura producida regresa al continente. Todo este cuidado y preocupación por el medio ambiente ha colocado a Fernando de Noronha como la Mejor Isla de Sudamérica, elegida por Trip Advisor’s Travelers ’Choice.

En 2001 la UNESCO declaró a Fernando de Noronha como Patrimonio Natural de la Humanidad.

Fernando de Noronha posee 17 playas, repartidas entre el mar desde adentro y el mar desde afuera. "Mar de adentro" es el lado de la isla que mira hacia el continente. Hay 10 playas y dos bahías. En este lado de la isla el mar está en calma la mayor parte del año y protegido de los vientos. Cabe mencionar la Baía do Sancho, votada como la playa más hermosa del mundo por el Travelers ’Choice de Trip Advisor. El "Mar de afuera" mira hacia África. Hay cuatro playas, un puerto, dos áreas de contemplación y un conjunto de playas en las rocas. De este lado el mar está más agitado, pero en algunos puntos los arrecifes lo calman. Sin embargo, tiene muchas olas y grandes áreas con abundancia de peces de colores, como enormes acuarios, ideales para el buceo.

En el verano, entre enero y febrero, la marea es muy fuerte e ideal para la práctica del surf, poniendo a Noronha en el escenario de los Campeonatos de Surf.